بسم الله الرحمن الرحيم
قال الله تبارک و تعالي:وَمَا كَانَ الْمُؤْمِنُونَ لِيَنفِرُواْ كَآفَّةً فَلَوْلاَ نَفَرَ مِن كُلِّ فِرْقَةٍ مِّنْهُمْ طَآئِفَةٌ لِّيَتَفَقَّهُواْ فِي الدِّينِ وَلِيُنذِرُواْ قَوْمَهُمْ إِذَا رَجَعُواْ إِلَيْهِمْ لَعَلَّهُمْ يَحْذَرُونَ. سوره توبه آيه 122
با استعانت از پروردگار متعال و در ظل توجهات و عنايات خاصه بقيه الله في الارضين امام زمان حضرت حجة ابن الحسن العسگري ارواح العالمين لتراب مقدمه الفداء مدرسه علميه فقيه متقي حضرت آيه الله العظمي آقاي حاج سيد محمد باقر خوانساري قدس سره فرزند برومند مرجع عاليقدر مجاهد مرحوم آيه الله العظمي آقاي حاج سيد محمد تقي خوانساري اعلي الله مقامه الشريف وقف شرعي موبد است بر آقايان طلاب شيعه اثني عشري که صرفاً به تحصيل علوم حوزوي مشغول بوده و ضوابط و مقررات تعيين شده از سوي توليت مدرسه و نيز دستورالعملهاي شوراي عالي حوزه را دقيقاً رعايت نمايند.
زمين اين مدرسه به دستور معظم له و با هدف فراهم نمودن امکانات لازم براي تحصيل هر چه بهتر جمعي از شاگردان مکتب جعفري که ان‌شاءالله بتوانند موجب ارائه خدمات عالي به مذهب حقه اثني عشري و جلب رضايت خاطر مولي و سرور عالم حضرت بقيه الله في الارضين باشند در سال 1385 هجري شمسي خريداری و طي سال‌هاي 1387 تا 1390 هجري شمسي، با همّت و تلاش مجدّانه فرزند فاضل و انديشمند ايشان، حضرت آیت الله آقای حاج سيد محمد کاظم خوانساری دامت برکاته، ساختمان آن در شش طبقه مشتمل بر مسجد، کتابخانه، مدرس، مرکز کامپيوتر، اطاق‌هاي ويژه اسکان آقايان طلاب عزيز مجهز به تخت خواب تاشو؛ سيستم تهويه مطبوع مرکزي، آسانسور، آشپزخانه، سالن‌هاي غذاخوري، سردخانه، انبار مواد غذائي، مرکز لباسشوئي و اتوکشي، سيستم آب شيرين‌کن، سيستم برق اضطراري، سيستم اعلام و اطفاء حريق احداث گرديد.
توليت شرعي و قانوني اين مدرسه مادام الحيوه با معظم له و پس از ايشان با فرزند فوق الذکرشان است.
استفاده از کتابخانه مدرسه براي آقايان طلاب عزيز غيرمقيم در مدرسه و استفاده از مسجد مدرسه در سه نوبت نماز جماعت و يا مراسم سخنراني و جشن اعياد مذهبي و يا سوگواري ائمه اطهار عليهم آلاف التحيه و الثناء علاوه بر آقايان طلاب براي سايرين به شرط تردد از مسير درب مسجد نيز مجاز و مشروع است.