آیت الله العظمی حاج میرزا علی آقا فلسفی همواره جزو حامیان جدّی نهضت بزرگ امام راحل (ره) بودند و در تمامی راهپیمائی‌هائی که در سال۱۳۵۷ در مشهد برگزار و برخی از آن‌ها برپایه اعلامیه امضاء شده از سوی ایشان و برخی دیگر از بزرگان حوزهُ علمیهُ مشهد شکل می‌گرفت در صف اوّل حضور یافته و تا پایان ادامه می‌دادند.

دانش آموخته حوزه‌های علمیه قم و نجف اشرف، از شاگردان برجسته آیات عظام مرحوم آقای سید محمد تقی خوانساری (پدرشان) و مرحوم آقای سید محمد حجت کوه کمری، مرحوم آقای سید حسین بروجردی و امام خمینی در قم، و آیات عظام سید عبدالهادی شیرازی و سید ابوالقاسم خویی در نجف اشرف تا قبل از مهاجرت به‌ تهران بوده است.

سال‌ها دوستی و ارتباط کاری نزدیک و صمیمی با شهید سید حسن نصرالله و ریاست شورای مشاوران وزیر امور خارجه و مشاور ارشد وزیر امورخارجه کشورمان از سوابق آیت الله سیّد محمدکاظم خوانساری است. ایشان دیدارهای خصوصی متعددی را با سید حسن نصرالله داشته و خاطرات شنیدنی و گفته‌نشده‌ای در این مورد دارد.