متن پیام حجت الاسلام والمسلمین سید حسن خمینی به این شرح است:

بسمه تعالی

برادر گرامی جناب حجت الاسلام و المسلمین آقای حاج سید محمد کاظم خوانساری دامت افاضاته

درگذشت پدر بزرگوارتان فقیه ارجمند و عالم گرانقدر حضرت آیت الله آقای حاج سید محمد باقر خوانساری قدس سره موجب تأسف و تأثر گردید.

آن بزرگمرد از زمره آن دسته از عالمان برجسته بود که نور ایمان را در قلب و روح و صورت و سیرت خویش تجلی داده بود و باورمندانه به خدای سبحان و تعالیم اسلام و ارزش های مکتب راستین، عمری را به پارسایی و دینداری و تعلیم و هدایت گذراند.

ارادت بی شائبه حضرت ایشان نسبت به امام که ریشه در محبت امام عظیم الشأن به والد ماجد ایشان حضرت آیت الله العظمی سید محمد تقی خوانساری (ره) و بیت مکرم داشت، همیشه و در همه حال مشهود بود.

این جانب که خود را چون شما داغدار رحلت ایشان می دانم، این مصیبت را خدمت جنابعالی که خلف شایسته ای برای آن مرحوم هستید و همه فرزندان و ارادتمندان ایشان تسلیت عرض نموده، برای آن عالم ربانی حشر با پیامبر عظیم الشأن (ص) و ائمه اطهار علیهم السلام مسئلت دارم.